答案：B

解析：A项与中国古代的君主专制不断加强的发展史实不相符合，所以排除A项。内阁取代六部与史实不符合，这二者不存在政治隶属关系，六部直接受皇帝统领，内阁是皇帝的内侍机构。D项与史实不符合，材料中的所说的首辅权利来源于皇帝，皇帝信任的首辅大臣专权只能说明是皇权的集权不断加强。
故选：B。
考查明清君王专制强化，重点对废丞相、设内阁知识点的掌握。
本题考查学生对于中国专制主义中央集权制度发展状况的理解与运用能力，准确理解废丞相，设内阁实质是君主专制强化的体现。