萨顿假说的提出，分成这样几个逻辑阶段：归纳蝗虫等生物染色体存在和行为特点的实验事实→比较染色体和基因的存在和行为特点，发现二者的共存和共变规律(平行关系)→初步提出“基因在染色体上”的假说→演绎假说，解释更多类似实验事实→假说进一步确立。

在当时的那个社会，萨顿假说的提出可以说是非常具有进步意义的。同时也是给当时的人们带来了很多的争议，因为会响起很多反对的声音。